Varajased fungitsiidid olid anorgaanilised ühendid, mille hulgas kasutatakse väävlipulbrit ja vasepreparaate (vt Bordeaux segu) tänapäevalgi. 1914. aastal kasutas sakslane I. Reem esimest korda orgaanilisi elavhõbedaühendeid nisupudru tõrjeks, mis tähistas orgaaniliste fungitsiidide väljatöötamise algust.
1934. aastal avastasid WH Tisdale ja teised USA-s dimetüülditiokarbamaadi bakteritsiidsed omadused. Sellest ajast alates on orgaanilised fungitsiidid hakanud kiiresti arenema. 1940ndatel ja 1950ndatel on välja töötatud kolm peamist orgaanilise väävli fungitsiidide seeriat: tiramid, düsoonid (näiteks tsinkdüsonid) ja triklorometüültiodimetüülkarboksimiidid. Lisaks on välja töötatud ka orgaaniline kloor, orgaaniline elavhõbe, orgaanilised arseeni fungitsiidid. Enamik neist fungitsiididest on kaitsvad ained ja nende kasutamisel on piiranguid.
Alates 1960. aastatest on tekkinud rohkem keemilisi fungitsiidide liike ja kõige olulisem edusamm on süsteemsete fungitsiidide tulek.
1965. aastal töötas Jaapan välja fosfororgaanilise fungitsiidi Daobenjing. 1966. aastal töötati USAs välja wisteriini. 1967. aastal töötas USA välja benomüüli. 1969. aastal töötas Jaapan välja tiofanaadi. Tritsüklasool töötati välja USA-s 1977. aastal, metalaksüül töötati välja Šveitsis ja alumiiniumtrietüülfosfaat töötati välja Prantsusmaal 1978. aastal. Eelmainitutega esindatud süsteemsed ained on saanud fungitsiidide väljatöötamise peavooluks alates 1970. aastatest. Samal ajal on põllumajanduslikud antibiootikumid kiiresti arenenud. Orgaanilist elavhõbedat, orgaanilist arseeni ja mõningaid orgaanilisi kloori sisaldavaid fungitsiide kaotatakse järk-järgult mürgisuse või keskkonnareostuse tõttu. Uue põlvkonna süsteemsed ained on fungitsiidide turgu veelgi laiendanud tänu nende paranenud tõrjeefektidele. 1980. aastateks oli fungitsiide üle 200 sordi. Uuringu järgi ulatus 1985. aastal fungitsiidide müük maailmas 2,54 miljardi USA dollarini, moodustades 18,4 protsenti kogu pestitsiidide müügist.
1984. aastal moodustas fungitsiidide süsteemsete ainete müük 44,2 protsenti ja mittesüsteemsete ainete müük 55,8 protsenti. Ligi pool sajandit on fungitsiidide väljatöötamine keskendunud peamiselt seenhaiguste ennetamise ja ravi vahenditele, samas kui bakterite ja viiruste põhjustatud haiguste ennetamise ja ravi ainete uurimis- ja arendustegevus on endiselt ebapiisav. Alates 1950. aastatest on Hiina välja töötanud peamiselt kaitsvaid fungitsiide. Alates 1970. aastatest on ta hakanud välja töötama süsteemseid fungitsiide ja põllumajanduslikke antibiootikume ning on lõpetanud orgaanilise elavhõbeda ainete kasutamise. Kuna fungitsiidide kasutustehnoloogia on suhteliselt keeruline, ei ole arengukiirus nii kiire kui putukamürkide omal. Põllumehed on aga üha enam tunnistanud fungitsiidide kaitsvat toimet põllumajandustoodangule. Hiina põllumajanduse moderniseerimisega kiireneb paratamatult fungitsiidide areng.